En el virreinato, Tacubaya, dependió de Coyoacán y Tacuba y fue conocida como zona de descanso por la élite colonial, dado su magnífico clima y su ubicación.
En la época prehispánica se le conoció con el nombre de Atlacuihuayan, que significa, según Antonio Peñafiel, “lugar donde se toma agua”, según Diego Durán “donde se coge agua”, o, según el Códice Aubin, “lugar donde se labró el Atlatl”. De un barbarismo español de esta toponimia surge el actual nombre de Tacubaya.
Fue uno de los lugares en los que se establecieron los tenochcas durante su peregrinar. Al fundarse la ciudad de México-Tenochtitlán, sus habitantes proporcionaron buena parte de la tierra y piedras que formaron la base de la ciudad en el centro del lago. En la conquista fue tomada por Cortés para cortar y controlar el acueducto de Chapultepec.
En el virreinato dependió de Coyoacán y Tacuba y fue conocida como zona de descanso por la élite colonial, dado su magnífico clima y su ubicación en una zona elevada sobre el nivel del lago, lo que le permitió permanecer seca cuando Ciudad de México estuvo inundada. De hecho, se estudió la posibilidad de convertirla en capital, lo mismo durante el virreinato como en la independencia, gracias a la altura elevada que le permitía estar relativamente a salvo de las inundaciones.
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Fue además el lugar donde se establecieron los molinos de Santo Domingo y Valdés movidos por aguas, que provenientes de Cuajimalpa conformaron el acueducto de Tacubaya, el cual pasaba por esta población; incluso, uno de sus barrios lleva el nombre de El Chorrito, ya que los habitantes picaban la tubería para tener agua.
Entre los pobladores ilustres de ésta época se encontraron el obispo y virrey Juan Palafox y Mendoza, que construyó una casa conocida hoy como Ex Arzobispado, que tiene gran valor histórico, junto con el Convento de Santo Domingo.