La construcción de la casona se realizó por encargo del presidente Porfirio Díaz a comienzos del siglo XX, para ser utilizada por éste como casa de veraneo
En los años sucesivos, la residencia fue utilizada como Automóvil Club, Centro de Reparto Agrario durante la Revolución mexicana y sede del Instituto de Biología de la Universidad Nacional Autónoma de México.
A partir de 1959, el maestro, Juan José Arreola convierte al inmueble en un Centro de Extensión de la UNAM, asumiendo a su vez como primer director del centro cultural.
A partir de entonces la Casa del Lago apoyó a una nueva generación de artistas que ahora incluye a figuras como José Luis Ibáñez, Leonora Carrington, Juan Soriano, Octavio Paz y el propio Juan José Arreola.
Todos estos personajes y otros más, junto a Miguel González Avelar, empezaron a dar auge a «Poesía en voz alta», a promover los torneos de ajedrez y el «Club de Filatelia».
El poeta y ensayista Tomás Segovia, sucesor de Arreola en la dirección del centro, creó un grupo extraordinario de jóvenes escritores, entre los cuales destacaría Juan García Ponce, cuentista, novelista y dramaturgo que, a través de sus ensayos y notas sobre las artes plásticas, analiza y promueve a artistas como Vicente Rojo, Lilia Carrillo, José Luis Cuevas, Fernando García Ponce, Alberto Gironella y Manuel Felguérez. Se dio, además, un enorme impulso a la música de jóvenes creadores a través del programa «Nueva Música en México», que reunió a Joaquín Gutiérrez Heras, Rocío Sanz y otros destacados creadores y compositores.
Otras dos figuras que han encarnado el espíritu de la Casa son: Juan Vicente Melo y Juan José Gurrola. El primero, dermatólogo y crítico de música, sustituyó a Segovia y desarrolló una tarea notable: ciclos de conferencias de autores literarios, compositores, pequeñas exposiciones de los artistas mencionados, obras de teatro que renovaron el quehacer escénico y conciertos de música de vanguardia.
Por su parte, Juan José Gurrola, brillante y audaz, se inició como actor de «Poesía en voz alta», propuso siempre actitudes vanguardistas en sus puestas en escena. Es un período extraordinario para la Casa del Lago, pues fue galardonada por la Asociación de Críticos de Teatro y Música, por darle cabida a las composiciones artísticas del siglo XX, y así llegó a ser uno de los centros de cultura más reconocidos en la capital del país.
Entre 1974 y 1976 el centro cultural fue dirigido por el poeta, escritor y académico Hugo Gutiérrez Vega. En 1982, el grupo de los estridentistas ocupó la atención del público, debido al desconcierto creado por una exposición realizada sobre este grupo literario de los años veinte.
La exposición A la sazón de los ochenta fue el marco propicio para exhibir la obra de 80 artistas como parte del «Encuentro de escultores», donde se abordaron temas relativos a la escultura con otras disciplinas.
La Casa también dio albergue a los llamados artistas de la Generación de la Ruptura, cuando en el año 1989 se realizó una importante exposición en la que incluyeron obras que en su momento fueron rechazadas por galerías comerciales. Cobró especial significación el Cine Club Documental, un espacio único en su tipo en la capital.
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