La UNAM y la UATx destacan la biodiversidad del estado, sus especies endémicas y variedad de vida silvestre.
Tlaxcala posee alrededor de 69 especies de mamíferos, de las cuales, 16 son endémicas de México y 12 especies se encuentran en alguna categoría de peligro de extinción.
La Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) calificó al estado como un área que posee especies únicas; solo el Parque Nacional la Malinche cuenta con 7 especies de anfibios y 14 de reptiles en la región.
De acuerdo al reporte de la UNAM y la Universidad Autónoma de Tlaxcala (UATx), el estado contribuye al 12 por ciento de la diversidad del planeta que posee México.
El estado cuenta con alrededor de 262 especies de aves, un importante grupo de insectos con funciones ecosistémicas importantes y 21 especies de libélulas y caballitos del diablo, además de 26 especies de mosquitos que han servido para investigaciones médicas en la UNAM y UATx, por ser vectores de enfermedades.
Por otro lado, los micólogos de Tlaxcala reportan por lo menos más de 200 especies de hongos en el estado, muchos de ellos comestibles, siendo de esta manera un recurso económico y de consumo para los visitantes y la población de la Malinche. Los estudios botánicos catalogaron alrededor de 182 especies de plantas del grupo de las gramíneas, además de registrar 140 especies de plantas para tepetates de Tlaxcala.
El informe refiere que documentar a biodiversidad del estado ayudaría a adoptar medidas para su cuidado y conservación.
Actualmente la entidad cuenta con una superficie territorial de 3 mil 991.1 kilómetros cuadrados, según el INEGI, lo que representa el 0.2 por ciento del territorio nacional, a pesar de ello, es rico en diversos ecosistemas entre los que destacan los bosques de pino, abetos y oyameles, encino, de juníperos, además matorral xerófito y pastizales.